ประเทศไทยและประเทศมาเลเซียเป็นประเทศเพื่อนบ้านที่มีความสัมพันธ์ใกล้ชิดกันมาเป็นเวลานาน โดยมีพรมแดนติดต่อกันตลอดแนวชายแดนภาคใต้ ประชาชนที่อาศัยอยู่ตามแนวบริเวณจังหวัดชายแดนภาคใต้ของไทยและทางตอนเหนือของมาเลเซียมักจะมีการข้ามพรมแดนไปมาหาสู่กันอยู่เสมอ

ภายหลังจากที่รัฐบาลมาเลเซียได้จัดทำแผนพัฒนาเศรษฐกิจและสังคมที่มุ่งเน้นการพัฒนาประเทศ ด้านการพัฒนาทรัพยากรธรรมชาติ การเกษตร อุตสาหกรรม และการท่องเที่ยว ทำให้มาเลเซียเป็นประเทศที่มีอัตราการเจริญเติบโตทางเศรษฐกิจอย่างสูงต่อเนื่องและมีเสถียรภาพ ทำให้นักลงทุนจากต่างประเทศเข้ามาลงทุนเป็นจำนวนมาก ส่งผลต่อความต้องการด้านแรงงาน แต่เนื่องจากขณะนั้นประเทศมาเลเซียมีประชากรเพียง 18.2 ล้านคน ซึ่งกำลังคนดังกล่าวเป็นผู้ที่อยู่ในวัยทำงานไม่ถึงร้อยละ 50 ดังนั้น มาเลเซียจำเป็นต้องเปิดรับแรงงานชาวต่างประเทศเข้ามาทำงานทดแทนแรงงานในส่วนที่ขาดหายไป

แรงงานจากประเทศไทย นับได้ว่าเป็นกำลังสำคัญต่อการพัฒนาทางเศรษฐกิจของมาเลเซียเป็นอย่างยิ่ง เนื่องจากแรงงานไทยส่วนมากมีทักษะการทำงานที่ดี มีความขยัน และอดทน โดยมีแรงงานไทยจำนวนมากเดินทาง  เข้าไปทำงานในประเทศมาเลเซีย (ณ ขณะนั้นมีจำนวนประมาณ 20,000 คน) ในระยะแรกนั้น การเดินทางเข้าไปทำงานในประเทศมาเลเซียของแรงงานไทยมีปัญหายุ่งยากมาก และต่อมาหลังจากมีแรงงานหลายสัญชาติเดินทางเข้าไปทำงานในมาเลเซียก็ได้ก่อให้เกิดปัญหาด้านแรงงานขึ้น ทำให้ทางการมาเลเซียต้องออกกฎหมายเพื่อควบคุมการทำงานของแรงงานต่างชาติ ซึ่งกฎหมายดังกล่าวครอบคลุมถึงการเดินทางเข้าไปทำงานของแรงงานไทยด้วย

มาตรการของประเทศไทยในการช่วยเหลือแรงงานไทยที่ต้องการเดินทางเข้าไปทำงานในมาเลเซียนั้น คณะเจ้าหน้าที่ของฝ่ายไทยและมาเลเซียได้มีการพบปะเจรจากันหลายครั้งทั้งในระดับรัฐบาลและระดับท้องถิ่น กรมพัฒนาฝีมือแรงงาน ในฐานะที่เป็นหน่วยงานหลักที่มีหน้าที่รับผิดชอบเกี่ยวกับการให้ความช่วยเหลือ   และอำนวยความสะดวกให้แก่แรงงานไทยที่จะเดินทางไปทำงานในต่างประเทศ โดยได้จัดตั้งด่านตรวจคนหางานขึ้นในพื้นที่ 4 จังหวัดชายแดนภาคใต้ (สงขลา สตูล ยะลา และนราธิวาส)

สำหรับการจัดตั้งสำนักงานแรงงานในประเทศมาเลเซีย ได้มีการริเริ่มขึ้นจากการประชุมคณะกรรมการแก้ไขปัญหาแรงงานในมาเลเซีย เมื่อวันที่ 27 เมษายน 2535 และการประชุมของศูนย์อำนวยการบริหารจังหวัดชายแดนภาคใต้ เมื่อวันที่ 23 มิถุนายน 2535 มีมติเห็นชอบให้มีการจัดตั้งสำนักงานแรงงานในประเทศมาเลเซียและได้เสนอเรื่องนี้ต่อรัฐบาล ซึ่งต่อมาคณะรัฐมนตรีมีมติให้กรมพัฒนาฝีมือแรงงาน จัดตั้งสำนักงานแรงงานในประเทศมาเลเซีย เมื่อวันที่ 10 กันยายน 2535 และให้ดำเนินการได้ตั้งแต่วันที่ 1 เมษายน 2536 นับเป็นสำนักงานแรงงานในต่างประเทศลำดับที่ 11 สังกัดกรมพัฒนาฝีมือแรงงาน ต่อมาได้มีการดำเนินการเพื่อจัดตั้ง และได้จัดพิธีเปิดสำนักงานแรงงานในประเทศมาเลเซียขึ้นอย่างเป็นทางการในวันที่ 6 กันยายน 2536 และได้แต่งตั้งเจ้าหน้าที่ 2 คน มาปฏิบัติงาน ณ สำนักงานแรงงานในประเทศมาเลเซีย ตั้งแต่วันที่ 15 เมษายน 2536 ต่อมา เมื่อพระราชบัญญัติจัดตั้งกระทรวงแรงงานและสวัสดิการสังคมมีผลบังคับใช้ สำนักงานแรงงานในต่างประเทศทุกแห่งรวมทั้งสำนักงานแรงงานในประเทศมาเลเซีย ได้โอนมาสังกัดสำนักงานปลัดกระทรวงแรงงานและสวัสดิการสังคม ตั้งแต่วันที่ 23 กันยายน 2536

สำนักงานแรงงานในประเทศมาเลเซีย มีฐานะเป็นส่วนราชการ สังกัดกรมพัฒนาฝีมือแรงงาน ในต่างประเทศ โดยได้รับการรับรองเอกสิทธิ์ทางการทูตจากประเทศมาเลเซีย ให้เป็นส่วนหนึ่งของสถานเอกอัครราชทูต ณ กรุงกัวลาลัมเปอร์ มีที่ตั้งสำนักงานแยกออกมา โดยตั้งอยู่ ณ บ้านเลขที่ 12 ถนนเกอร์เน่ย์ 54000 กัวลาลัมเปอร์ ประเทศมาเลเซีย

ต่อมากระทรวงแรงงานและสวัสดิการสังคม ได้สั่งการให้สำนักงานแรงงานในประเทศมาเลเซีย หารือกับสถานเอกอัครราชทูต ณ กรุงกัวลาลัมเปอร์ ถึงความเป็นไปได้ที่จะย้ายสำนักงานแรงงานเข้ามาอยู่ในที่ทำการของสถานเอกอัครราชทูต โดยสถานเอกอัครราชทูตได้อนุมัติให้สำนักงานแรงงานในประเทศมาเลเซีย ใช้พื้นที่ส่วนของสำนักงานการท่องเที่ยวเป็นการชั่วคราว (สำนักงานการท่องเที่ยวได้ย้ายออกไปเช่าพื้นที่ภายนอก) จากนั้น สำนักงานแรงงานในประเทศมาเลเซีย ได้เริ่มปฏิบัติงาน ณ ที่ทำการของสถานเอกอัครราชทูต ณ กรุงกัวลาลัมเปอร์ ตั้งแต่วันที่ 2 มีนาคม 2541 เป็นต้นมา ปัจจุบันสำนักงานแรงงานในประเทศมาเลเซีย อยู่ภายใต้สังกัดสำนักประสานความร่วมมือระหว่างประเทศ กระทรวงแรงงาน