ปัญหาของแรงงานไทยในประเทศมาเลเซีย สามารถจำแนกได้ ดังนี้

9.1 ทำงานโดยไม่มีสัญญาจ้างงาน
    สัญญาจ้างงาน คือ สัญญาซึ่งบุคคลคนหนึ่งที่เรียกว่า ‘ลูกจ้าง’ ตกลงที่จะทำงานให้บุคคลอีกคนหนึ่งที่เรียกว่า ‘นายจ้าง’ และนายจ้างตกลงจะให้ค่าจ้างแก่ลูกจ้างตลอดเวลาที่ทำงานให้ สัญญาจ้างอาจอาจกระทำได้ด้วยคำพูด หรือด้วยการเขียนอย่างเป็นลายลักษณ์อักษร อย่างไรก็ตาม หากการจ้างงานมีระยะเวลาที่เจาะจง จะต้องมีการเขียนสัญญาจ้างอย่างเป็นลายลักษณ์อักษร
    ตาม พ.ร.บ. กฏหมายแรงงานแห่งประเทศมาเลเซีย สัญญาจ้างงานจะต้องประกอบด้วยข้อกำหนด ดังต่อไปนี้
    ก. ชื่อของลูกจ้างและหมายเลขบัตรประจำตัวประชาชนหรือหนังสือเดินทาง
    ข. ตำแหน่งงานที่ได้รับการว่าจ้าง
    ค. อัตราค่าจ้าง
    ง. สวัสดิการต่างๆ
    จ. อัตราค่าจ้างทำงานล่วงเวลา
    ฉ. ชั่วโมงทำงาน
    ช. ข้อตกลงในการยกเลิกสัญญาจ้าง
    ซ. จำนวนวันหยุดและการลาประจำปี
    ฌ. ระยะเวลาในการจ่ายค่าจ้าง
จากข้อกำหนดดังกล่าวข้างต้น จะเห็นได้ว่ากฏหมายแรงงานพยายามคุ้มครองสิทธิของลูกจ้างไม่ให้ถูกนายจ้างเอารัดเอาเปรียบ อย่างไรก็ตาม มีลูกจ้างจำนวนมากที่ไม่เห็นความสำคัญของสัญญาจ้างงาน และในทางกลับกันก็มีนายจ้างจำนวนมากที่ไม่ยอมทำสัญญาจ้าง ทำให้ลูกจ้างที่ถูกนายจ้างเอารัดเอาเปรียบ เมื่อเกิดข้อขัดแยังกับนายจ้างก็ไม่มีเอกสารหลักฐานในการเจรจา  ขาดอำนาจการต่อรอง

9.2 นายจ้างเก็บหนังสือเดินทางของคนงาน
    ปัญหานายจ้างเก็บหนังสือเดินทางของลูกจ้าง เป็นปัญหาที่มีมานานและไม่สามารถแก้ไขได้ ถึงแม้ว่าหนังสือเดินทางจะถือเป็นสมบัติของรัฐบาลไทย และการยึดหนังสือเดินทางเป็นการกระทำผิดกฏหมาย แต่นายจ้างก็ยังเก็บหนังสือเดินทางของลูกจ้าง โดยอ้างว่าป้องกันการหลบหนีของลูกจ้าง ทั้งนี้เนื่องจากมีลูกจ้างหลายรายที่หลบหนีออกจากบริษัทนายจ้างก่อนสิ้นสุดสัญญาจ้าง สร้างผลกระทบต่อธุรกิจของนายจ้าง (เสียโควต้าการจ้างงาน เสียค่าใช้จ่าย ค่าประกันต่างๆ ที่ได้ออกไปล่วงหน้า) ดังนั้น เมื่อคนงานถูกเจ้าหน้าที่ตรวจคนเข้าเมืองหรือตำรวจตรวจสอบ ลูกจ้างก็ไม่มีหนังสือเดินทางแสดงต่อทางการ หลายรายจึงถูกเจ้าหน้าที่ตรวจคนเข้าเมืองจับกุมดำเนินคดี ต้องรออยู่ในที่คุมขังจนกว่านายจ้างจะนำเอกสารมาแสดงและให้ความช่วยเหลือ

9.3 ไม่มีใบอนุญาตทำงาน
การจะเข้ามาทำงานในประเทศมาเลเซียได้นั้น บริษัทนายจ้างจะต้องทำเรื่องขอจ้างแรงงานต่างชาติจากกระทรวงมหาดไทย (Ministry of Home Affairs) และต้องได้รับโควต้าก่อน ถึงจะดำเนินการจ้างแรงงานต่างชาติได้ สำหรับแรงงานไทยได้รับอนุญาตให้เข้ามาทำงานใน 5 สาขาอาชีพดังที่ได้กล่าวข้างต้น ผลกระทบจากภาวะเศรษฐกิจตกต่ำที่ผ่านมา ทำให้รัฐบาลทุ่มเทกับการแก้ไขปัญหาการเลิกจ้างและภาวะการตกงานของพลเมือง จึงมีนโยบายหยุดพักการจ้างงานแรงงานต่างชาติ และสนับสนุนการจ้างแรงงานท้องถิ่นแทน ทำให้บริษัทนายจ้างไม่ได้รับโควต้าให้จ้างแรงงานต่างชาติ แต่เนื่องจากธุรกิจที่ทำอยู่ต้องอาศัยทักษะความสามารถเฉพาะและคนงานท้องถิ่นไม่สามารถทำได้ นายจ้างบางรายจึงแอบจ้างแรงงานไทยให้ทำงานแบบจ๊อบเดือน โดยเดินทางเข้ามาด้วยวีซ่านักท่องเที่ยว  นอกจากนี้ ก็ยังมีแรงงานอีกจำนวนมากที่ถูกนายหน้าจัดหางานเถื่อนหลอกลวงว่ามีงานให้ทำและจะทำใบอนุญาตทำงานให้  ดังนั้น เมื่อถูกเจ้าหน้าที่ตรวจคนเข้าเมืองหรือตำรวจตรวจสอบแล้วพบว่าไม่มีใบอนุญาตทำงาน จึงถูกเจ้าหน้าที่ตรวจคนเข้าเมืองจับกุมและดำเนินคดีตามกฏหมาย

9.4 ทำงานผิดตำแหน่งงานหรือผิดสถานที่ที่ระบุในใบอนุญาตทำงาน
ในใบอนุญาตทำงานที่สำนักงานตรวจคนเข้าเมืองมาเลเซียออกให้ จะระบุชื่อคนงาน วันที่ออก-วันหมดอายุใบอนุญาตทำงาน ตำแหน่งงานที่ทำ และสถานที่ทำงานอย่างชัดเจน อย่างไรก็ตาม พบว่ามีนายจ้างหลายรายที่ทำใบอนุญาตทำงานให้ลูกจ้างอาชีพหนึ่งแต่ให้ไปทำงานในสาขาอาชีพอื่น ทั้งนี้เพื่อเลี่ยงอัตราภาษีที่ต้องจ่ายสูงกว่าหรือไม่สามารถจ้างแรงงานต่างชาติในสาขานั้นๆ ได้ เช่น การขอโควต้าแรงงานภาคการเกษตร หรือแม่บ้าน ซึ่งขอใบอนุญาตได้ง่ายและภาษีนำเข้าต่ำ แต่แอบให้ทำงานในภาคบริการ (Service) เป็นต้น ส่วนในกรณีสถานที่ทำงานไม่ตรงกับที่ได้ระบุในใบอนุญาตทำงานนั้น มักจะเกิดกับกรณีที่นายจ้างให้ลูกจ้างไปทำงานในร้านที่เพิ่งเปิดใหม่หรือในสาขาอื่น หรือมีการเปลี่ยนนายจ้าง เป็นต้น

9.5 คนงานต้องการเดินทางกลับก่อนครบสัญญาจ้าง
    เมื่อลูกจ้างได้รับการว่าจ้างแล้ว ลูกจ้างจะต้องทำงานให้ครบตามระยะเวลาที่ได้ตกลงไว้ในสัญญาจ้าง โดยทั่วไปสัญญาจ้างมีอายุ 1-2 ปี อย่างไรก็ตาม มีลูกจ้างบางรายที่มีความจำเป็นต้องเดินทางกลับประเทศไทยก่อนกำหนด ทั้งนี้อาจจะเนื่องมาจากปัญหาทางบ้าน ปัญหาส่วนตัว หรือปัญหาความขัดแย้งกับนายจ้าง ในกรณีนี้ หากไม่สามารถเจรจาประนีประนอมกับนายจ้างได้ ลูกจ้างอาจจะต้องเสียค่าปรับให้นายจ้าง  โดยทั่วไปแล้ว นายจ้างชาวมาเลเซียจะได้รับอนุญาตให้จ้างแรงงานต่างชาติได้ไม่เกิน 5 ปี เมื่อจ้างงานเกิน 5 ปีแล้วนายจ้างยังต้องการจ้างงานต่อ นายจ้างจะต้องทำเรื่องขอจากทางการมาเลเซียเป็นกรณีเฉพาะ ซึ่งส่วนใหญ่จะเป็นแรงงานประเภทกึ่งฝีมือ (Semi Skill Worker) หรือแรงงานมีทักษะฝีมือ (Skill Worker)

9.6 ทำงานโดยไม่ได้รับค่าจ้าง หรือได้รับค่าจ้างไม่ตรงกับที่ได้ตกลงไว้ หรือได้รับค่าจ้างช้า
    กรมการจัดหางาน กระทรวงแรงงาน ได้กำหนดอัตราค่าจ้างมาตรฐานขั้นต่ำให้มีความเหมาะสมสอดคล้องกับสภาพการจ้างงานในประเทศมาเลเซีย ตามประกาศกรมการจัดหางาน เรื่อง กำหนดอัตราค่าจ้างมาตรฐานขั้นต่ำและเงื่อนไขสำหรับการจ้างแรงงานไทยในประเทศมาเลเซีย พ.ศ. 2546 ดังนี้
สาขาอาชีพ                     ตำแหน่ง                อัตราค่าจ้างมาตรฐานขั้นต่ำ
ภาคก่อสร้าง         คนงานทั่วไป                         30  ริงกิต/วัน
ภาคบริการ              ผู้ประกอบอาหาร               1,000  ริงกิต/เดือน
              ผู้ช่วยประกอบอาหาร     800  ริงกิต/เดือน
              พนักงานทั่วไป                      700  ริงกิต/เดือน
              พนักงานนวดแผนไทย        1,800 ริงกิต/เดือน
              ผู้ดูแลเด็ก                       700  ริงกิต/เดือน
              ผู้ดูแลผู้สูงอายุ                     1,000 ริงกิต/เดือน
              แม่บ้าน                        700  ริงกิต/เดือน
ภาคการผลิต (โรงงาน)    คนงานทั่วไป         25  ริงกิต/วัน
หมายเหตุ
1.    อัตราค่าจ้างที่กำหนด ต่อการทำงานวันละ 8 ชั่วโมง สัปดาห์ละ 6 วัน
2.    ทุกตำแหน่ง นายจ้างจะต้องจัดหาที่พักอาศัยให้ตามความเหมาะสมโดยไม่คิดมูลค่า
3.    ภาคก่อสร้าง อัตราที่กำหนดเป็นรายได้สุทธิหลังหักภาษีแล้ว
4.    สำหรับภาคบริการ นายจ้างต้องจัดที่พักและอาหารให้วันละ 3 มื้อ

    ตาม พ.ร.บ. กฏหมายแรงงานมาเลเซีย นายจ้างจะต้องจ่ายค่าจ้างให้ลูกจ้างไม่เกินวันที่ 7 ของเดือนถัดไป หากเกินกว่า 7 วัน ลูกจ้างมีสิทธิเรียกร้องขอความเป็นธรรมจากสำนักงานแรงงานประจำพื้นที่นั้นๆ ได้ ที่ผ่านมา สนร. มาเลเซียได้รับเรื่องร้องทุกข์กรณีนายจ้างไม่จ่ายค่าจ้างตามที่ได้ตกลงหรือค้างค่าจ้างเป็นจำนวนหลายราย ส่วนใหญ่เป็นพนักนวดและคนงานก่อสร้าง ซึ่งลูกจ้างที่มีใบอนุญาตทำงานถูกต้องก็จะได้รับความคุ้มครองจากทางการมาเลเซียเท่าเทียมกับลูกจ้างท้องถิ่น ส่วนลูกจ้างที่ไม่มีใบอนุญาตทำงานจะไม่มีอำนาจในการต่อรองหรือได้รับความคุ้มครอง 

9.7 การหักเงินค่าภาษีมากกว่าที่ตกลง
    ลูกจ้างชาวต่างชาติจะถูกเรียกเก็บค่าภาษีการนำเข้าแรงงานในอัตราที่แตกต่างกันตามสาขาอาชีพ* ดังนี้
        ภาคการเกษตร               360.00  ริงกิต/คน
        ภาคการเพาะปลูก            540.00  ริงกิต/คน
        ภาคอุตสาหกรรม          1,200.00  ริงกิต/คน
        ภาคก่อสร้าง                1,200.00  ริงกิต/คน
        ภาคบริการ                  1,800.00  ริงกิต/คน
* ไม่รวมค่าตรวจสุขภาพ ค่าออกใบอนุญาตทำงาน และค่ามัดจำความปลอดภัย อีกประมาณ 450 ริงกิต (1 ริงกิต/10 บาท)
* ข้อมูลจาก Ministry of Home Affairs, Malaysia, Ref: KHEDN:100/637/1 Jld 31(2) 7 May 2007

    ตาม พ.ร.บ. กฏหมายแรงงานมาเลเซีย ปี ค.ศ. 1955 นายจ้างสามารถหักค่าภาษีจากลูกจ้างไม่เกิน 50 เปอร์เซ็นต์ของเงินเดือน อย่างไรก็ตาม มีนายจ้างจำนวนมากที่ถือโอกาสหักค่าภาษีจากลูกจ้างในอัตราที่สูงกว่ากำหนด โดยทั่วไปแล้วลูกจ้างภาคบริการ โดยเฉพาะอาชีพพนักงานนวดจะพบปัญหานี้มากที่สุด ปัญหาการหักเงินค่าภาษีมากกว่าที่กำหนดนี้สามารถป้องกันได้ด้วยการทำสัญญาจ้าง โดยระบุอัตราการหักเงินค่าภาษีที่ถูกต้องเหมาะสม

9.8 ลูกจ้างประพฤติตัวไม่เหมาะสม เช่น ดื่มสุรา เล่นการพนัน ทะเลาะวิวาท ทำร้ายร่างกาย ฯลฯ
    ปัญหาลูกจ้างประพฤติตัวไม่เหมาะสมนี้ ส่วนใหญ่จะเกิดกับลูกจ้างชาย โดยเฉพาะคนงานในภาคก่อสร้าง ซึ่งมักจะพบว่าชอบดื่มเหล้าและเล่นการพนัน หากไม่กระทบต่อการทำงานก็มักจะไม่มีปัญหา ส่วนการทะเลาะวิวาทจนถึงขั้นทำร้ายร่างกายนั้น ถือว่ามีความผิดตามกฏหมายมาเลเซีย ซึ่งที่ผ่านมา คนงานก่อสร้างไทยหลายรายถูกจับกุมด้วยข้อหาทำร้ายร่างกาย